平成25年度 実験系生物学者のための数理・統計・計算生物学入門コース
昨今の生命科学における学際融合研究に必要な基礎知識となる数理、統計、計算生物学の入門となる場を提供する。
対象となるのは主に実験系の生命科学研究室に所属する大学院生等の中で、数理・統計・計算生物学に興味がある人。
これらの知識を基に、様々な生命現象を数理モデルで記述し、計算機によるシミュレーションを通じて動作原理の検証や作業仮説を抽出することができる研究者の育成を目指す(平成25年度は単位認定授業ではないが、平成26年度より単位認定授業になります)。
生命動態システム科学拠点のRAにはできるだけ参加をお願いするが、やる気がある人を優先する。
生命動態システム科学拠点の研究室以外の学生(生命科学研究科、医学研究科、再生研究所、ウイルス研究所、情報科学研究所)にも参加を呼び掛ける。
人数が多くなった場合は、講義室の関係上、参加人数を制限することもある。課題提出を義務付ける。
授業カリキュラム(第2、または第3月曜日、15時から。場所はA棟4階411セミナー室)
日程 | 講師 | 講義内容 | 対象となる生命現象、研究 |
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5月20日 | 青木一洋(生命動態) | 自己紹介、主旨説明、イントロダクション | |
6月10日 | 青木一洋(生命動態) | 常微分方程式、フィッティング、MATLAB基礎 | シグナル伝達系、細胞増殖モデル、実験結果の定量化 |
7月8日 | 本田直樹(生命動態) | 常微分方程式アドバンス、力学系、MATLAB基礎 | 神経の発火、振動現象、細胞分化 |
9月9日 | 青木一洋(生命動態) | 画像解析、自己相関、相互相関 | イメージング、細胞運動、画像からの定量化 |
10月21日 | 本田直樹(生命動態) | 反応拡散モデル(偏微分方程式)、ブラウン運動 | 発生、チューリングパターン、一分子イメージング、拡散 |
11月11日 | 大羽成征(情報学) | バイオインフォマティクス、統計基礎、主成分分析 | 遺伝子発現解析 |
12月16日 | 大羽成征(情報学) | バイオマーカー、統計、検定、多重検定、網羅的解析 | マイクロアレイ、次世代シークエンサーによる遺伝子発現データの統計解析 |
1月27日 | 近藤洋平(情報学) | 力学の物理 | 力学特性、上皮細胞の数理モデル |
3月3日 | 本田直樹(生命動態) | 線形回帰、非線形回帰、機械学習 | フィッティング、時系列データからのモデル予測 |
3月17日 | 中江 健(情報学) | 判別、機械学習 | ニューロン結合推定、バイオマーカーによる病気の判別 |