平成26年度 実験系生物学者のための数理・統計・計算生物学入門コース
授業科目名：数理・統計・計算生物学特論
Basic Course in Mathematical, Statistical and Computational Biology for Experimental Biologists.
担当者氏名：
青木一洋（京都大学医学研究科 特定准教授）
本田直樹（京都大学医学研究科 特定准教授）
大羽成征（京都大学情報学研究科 講師）
近藤洋平（京都大学情報学研究科 特定助教）
配当学年：博士、修士
単位数：1
開講期：通年
曜時限：月5限（16:30-18:00）
授業形態：講義
授業の概要・目的：
昨今の生命科学における学際融合研究に必要な基礎知識となる数理、統計、計算生物学の入門となる場を提供する。
対象となるのは主に実験系の生命科学研究室に所属する大学院生等の中で、数理・統計・計算生物学に興味がある人。
これらの知識を基に、様々な生命現象を数理モデルで記述し、計算機によるシミュレーションを通じて動作原理の検証や作業仮説を抽出することができる研究者の育成を目指す。
授業計画と内容：（講義室は6月30日まではA棟4階402室を予定。）
| 日程 | 講師 | 講義内容 |
|---|---|---|
| 4月28日 | 青木一洋（京都大学医学研究科 特定准教授） 本田直樹（京都大学医学研究科 特定准教授） |
授業概要の説明、微分方程式の基礎と解法 |
| 5月26日 | 青木一洋（京都大学医学研究科 特定准教授） | 細胞内シグナル伝達系、細胞増殖の常微分方程式による数理モデル化と数値解析 |
| 6月30日 | 青木一洋（京都大学医学研究科 特定准教授） | 実験結果の非線形フィッティングと最適化問題、MATLAB入門 |
| 7月28日 | 青木一洋（京都大学医学研究科 特定准教授） | ODEソルバーによる常微分方程式の解法、神経発火の数理モデル、線形安定性解析 |
| 8月25日（補講） | 本田直樹（京都大学医学研究科 特定准教授） | 線形安定性解析 |
| 9月22日 | 本田直樹（京都大学医学研究科 特定准教授） 近藤洋平（京都大学情報学研究科 特定助教） |
統計基礎、時系列解析 |
| 10月20日 | 本田直樹（京都大学情報学研究科 特定助教） | 線形回帰による時系列解析と予測 |
| 11月17日 | 大羽成征（京都大学情報学研究科 講師） | バイオインフォマティクス、統計アドバンス、主成分解析 |
| 12月15日 | 大羽成征（京都大学情報学研究科 講師） | 多変量解析 |
| 1月19日 | 本田直樹（京都大学医学研究科 特定准教授） | 反応拡散モデル（偏微分方程式）、ブラウン運動 |
| 2月16日 | 本田直樹（京都大学医学研究科 特定准教授） | 確率微分方程式、確率アルゴリズム、ポアソン、マスター方程式 |
| 3月23日 | 近藤洋平（京都大学情報学研究科 特定助教） | 細胞と組織の力学 |
授業計画と内容については4月28日5限の講義で改めて説明するので、出席すること。
履修要件：
ノートPCを持ってくることができること
成績評価の方法・基準：
出席率及びレポートで総合的に評価する。詳細については開講時に説明する。
教科書：
未定
参考書：
細胞の物理生物学
Computational cell biology、Theoretical neuroscience, Mathematical biology、ゼロから学ぶ線形代数、非平衡系の物理学、
Stochastic processes in physics and chemistry、パターン認識と機械学習
その他：
講義室はF棟1階セミナー室を使うことにしているが、F棟の耐震改修のため4月の講義室はA棟4階セミナー室（402室）を使うことを予定している。詳細はホームページでアナウンスする。
